化工儀器網手機版
移動端訪問更便捷
我國科研人員建立基于納米孔測序的環形RNA識別和重建新技術
2021年03月18日 13:08:52
來源：生命科學部 點擊量：8905
環形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的、具有特殊環狀結構的RNA分子。近期多個研究發現，環形RNA不僅發揮miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等生物學功能，而且通過結合蛋白分子，參與天然免疫等生理過程發揮重要功能。而確定環形RNA的全長序列，是進行環形RNA功能研究的重要基礎。目前的研究方法對于環形RNA結構的識別能力主要被二代測序的讀長所限制，對于長度較長(>500bp)的環形RNA分子
【化工儀器網 項目成果】在國家自然科學基金項目(批準號：32025009、91940306、31722031)等資助下，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶研究員團隊開發了一種高效測定分析環形RNA的方法,相關成果以“利用納米孔測序和CIRI-long技術對環狀RNA進行綜合分析(Comprehensive profiling of circular RNAs with nanopore sequencing and CIRI-long)”為題，于2021年3月11日以長文形式在《自然 生物技術》(Nature Biotechnology)上在線發表。 
環形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的、具有特殊環狀結構的RNA分子。近期多個研究發現，環形RNA不僅發揮miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等生物學功能，而且通過結合蛋白分子，參與天然免疫等生理過程發揮重要功能。而確定環形RNA的全長序列，是進行環形RNA功能研究的重要基礎。目前的研究方法對于環形RNA結構的識別能力主要被二代測序的讀長所限制，對于長度較長(>500bp)的環形RNA分子，仍然缺少有效的全長重構手段。
趙方慶團隊首先測試了不同實驗條件對環形RNA的富集效果，進而對環形RNA建庫流程進行優化，并通過使用poly(A) tailing提升RNase R對環形RNA的富集效率。后應用納米孔測序技術，實現了對目標環形RNA的全長序列進行直接測定。基于上述實驗流程，趙方慶團隊進一步開發了用于識別納米孔測序數據中環形RNA序列的CIRI-long算法。CIRI-long將一致性序列比對到參考基因組，對其中的反向剪接位點和內部結構進行識別，并基于基因注釋和剪接信號信息，提供單一樣本內和多樣本間結果的整合與校正方法(圖1)，從而實現環形RNA的準確識別和全長重構。
與傳統的二代測序方法相比，CIRI-long方法大幅提升了環形RNA全長重構能力，并可實現與二代測序相近的分析成本。同時，CIRI-long提供了樣本間整合分析的工具，并針對納米孔測序的高錯誤率建立了有效校正方法，為環形RNA的功能研究提供了重要的方法學工具，具有很高的應用價值。
圖1： 環形RNA全長重構的實驗與計算流程
相關閱讀 Related Reading
查看更多+-
近日，廣東工業大學委托廣東元正招標采購有限公司組織公開招標，采購真空互聯多功能X射線光電子能譜儀等設備，預算1410萬元。2025-04-29 10:31:20
-
近日，伊犁師范大學就“新疆生物質資源清潔轉化與高值化利用重點實驗室建設項目”發布公開招標公告，預算金額為250萬元。2025-04-14 08:54:40
-
成就微觀無限潛能 歐美克攜創新產品重磅亮相2025南京科教博覽會
珠海歐美克儀器有限公司攜全新一代的NS-90Z Plus納米粒度及電位分析儀精彩亮相2025中國(南京)國際科教技術及裝備博覽會。2025-04-03 11:07:13 -
近日，北京市科學技術研究院分析測試研究所委托北京中天國宏招標代理有限公司組織公開招標，采購碳硫氧氮氫分析儀等儀器設備，預算677....2025-03-31 08:51:37
-
項目名稱：上海市農業科學院 2025年進口設備采購項目（三），項目編號：1825-254A20250079/02，招標范圍：包件2...2025-03-27 10:58:02
-
項目名稱：超靈敏納米顆粒分析儀，項目編號：0811-254DSITC0063，招標范圍：超靈敏納米顆粒分析儀 壹臺，招標機構：上海...2025-03-21 13:26:20
版權與免責聲明
- ①凡本網注明“來源：化工儀器網”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網絡有限公司-化工儀器網合法擁有版權或有權使用的作品，未經本網授權不得轉載、摘編或利用其他方式使用上述作品。已經本網授權使用作品的，應在授權范圍內使用，并注明“來源：化工儀器網”。違反上述聲明者，本網將追究其相關法律責任。
- ②本網轉載并注明自其他來源（非化工儀器網）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網贊同其觀點和對其真實性負責，不承擔此類作品侵權行為的直接責任及連帶責任。其他媒體、網站或個人從本網轉載時，必須保留本網注明的作品第一來源，并自負版權等法律責任。
- ③如涉及作品內容、版權等問題，請在作品發表之日起一周內與本網聯系，否則視為放棄相關權利。
