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超凈工作臺的原理是，在某一的空間中，室內空氣先通過預過濾器初步過濾，再由小型離心風機壓入靜壓箱，然后通過空氣高效過濾器完成二次過濾，此時，從空氣高效過濾器出風面吹出的潔凈氣流具有均勻的斷面風速，可以將工作區域中的原始空氣排除，并去除灰塵顆粒和生物顆粒，從而形成高度清潔和無菌的工作環境。空氣被過濾器過濾以達到無菌狀態，并被輸送到操作空間以便在操作空間中形成相對正壓。如果不打開風機，就不會有無菌的空氣輸送，操作空間也就無法達到無菌效果。

在超凈工作臺的使用過程中，需要通風。隨著風機的轉動，風通過高效過濾膜（無）進入，使操作臺保持在無菌狀態。超凈工作臺的功能是提供相對無菌的環境，其設計和實用原理有兩種，一種是頂部或側面無菌空氣過濾裝置，內部有幾層無菌空氣過濾器，吹出來的風是相對無菌的空氣。由無菌空氣過濾裝置吹出的無菌空氣確保了超凈工作臺的內部在操作過程中是相對無菌的。
然而，紫外線燈照射主要是在開始操作之前的準備工作，或是對要使用的設備和器械的表面進行消毒的方法，紫外線照射的滅菌效果基本上可以忽略不計。通常，在實驗過程中不會同時打開風機和紫外線燈。只需先打開紫外線燈照射一段時間后，關閉紫外線燈，打開風扇機吹半小時左右，然后再開始實驗。在實驗過程中，風機應一直保持開啟狀態。

打開風機的目的是在操作臺內形成正壓，以防止周圍空間的空氣隨氣流進入操作臺。因為空氣中可能含有從而影響實驗結果，因此須打開風機。風機的風用于凈化空氣，凈化后的氣流可以防止人員污染操作對象。

超凈工作臺的風是向外吹的，主要作用是防止空氣中的進入。如果超凈工作臺的玻璃已經關閉了，則無需打開風機。